土地确权的处理可能受特殊情况影响，以下为常见的例外情形及影响：1.土地存在历史遗留问题：若二轮承包时因测量技术有限，导致承包面积与实际面积误差较大，或存在“口头承包”未签订书面合同的情况，确权时需先通过集体协商、补充签订合同等方式解决历史问题，否则无法直接按二轮承包或现有土地确权，会延长确权周期。2.土地被依法征收或流转：若现有土地已被国家依法征收（如修建公路），则不再对征收部分确权；若土地已通过合法流转给其他农户，确权时需根据流转合同确认经营权归属，原承包户仅保留承包权，经营权归流转方，这会改变确权的权利主体。3.集体内部调整承包地：若村集体因人口变化等原因，在二轮承包后合法调整了承包地（需经村民会议三分之二以上成员同意），确权时需按调整后的现有土地面积确权，而非原二轮承包面积，这会直接改变确权的面积依据。
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关于土地确权是按现有土地还是二轮承包面积的问题，核心原则是“以二轮承包为基础，结合实际情况调整”。以下为不同情形的详细说明：土地确权的核心依据是二轮土地承包的面积，但会结合现有土地的实际情况进行调整。1.若二轮土地承包合同、台账等档案资料完整清晰：以二轮承包的面积和四至范围为基础确权，确保承包关系的稳定性，现有土地若与二轮承包面积一致，直接按合同确权。2.若现有土地因合法调整（如集体统一规划、土地整治）发生面积变化：在二轮承包基础上，根据合法调整的证明材料（如村委会决议、土地整治批复），按调整后的现有土地面积确权。3.若现有土地存在擅自扩占、违规开垦等情况：仅对二轮承包范围内的合法面积确权，扩占部分不予认可，需恢复原状或按规定处理。
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针对土地确权的依据问题，我们可以通过具体法律法规条文来明确其适用逻辑。根据《中华人民共和国农村土地承包法》（2018年修正）第三条规定：“国家实行农村土地承包经营制度。农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式……”；《中华人民共和国土地管理法》（2019年修正）第十三条规定：“发包方和承包方应当依法订立承包合同，约定双方的权利和义务。”土地确权的核心是确认承包关系的合法性，二轮土地承包合同是承包关系的原始依据，因此确权需以二轮承包面积为基础。若现有土地因合法调整（如集体统一规划）发生变化，需结合调整后的证明材料，但前提是不违反二轮承包的基本框架。综上，土地确权优先依据二轮承包面积，现有土地的合法变化可作为调整补充。
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土地确权过程中若操作不当，可能引发法律风险，以下为具体风险点及实例说明：1.确权面积与实际不符的经济损失风险：例如，农户王某二轮承包面积为5亩，但现有土地因土地整治变为6亩，王某未收集整治批复就主张按6亩确权，确权部门仅按二轮承包的5亩确权，导致王某后续流转土地时少获1亩的流转收益，造成经济损失。2.因证据不足丧失承包权的风险：农户李某的二轮承包合同丢失，未及时到村委会补档，确权时无法提供原始依据，村委会以“无承包记录”为由不予确权，李某虽实际耕种土地多年，但因缺乏证据无法证明承包关系，面临失去土地承包权的风险。

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